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法院对公诉案件进行审查是刑事诉讼程序中的重要环节。当检察院向法院提起公诉后，法院需要对案件进行形式审查和实质审查，包括检查管辖权、被告人是否在案、证据材料是否齐全等方面，然后根据不同情况作出相应的处理决定。
选项A是错误的。当法院发现案件不属于本院管辖时，正确的处理方式是将案件移送给有管辖权的法院，而不是通知检察院撤回起诉。管辖权包括级别管辖、地域管辖和专门管辖。法院应当按照法定程序将案件移送，确保案件能够得到正确的审理。
选项B是错误的。当被告人不在案时，法院不应一律决定退回检察院。根据具体情况，法院可以采取中止审理、缺席审理等不同措施。对于在逃的被告人，通常中止审理；对于某些特定案件，法律允许缺席审理。退回检察院并非法定的处理方式。
选项C是正确的。当法院裁定准许检察院撤诉后，该撤诉裁定产生法律效力。如果检察院没有新的事实、证据就重新起诉同一案件，法院应当裁定驳回起诉。这是为了防止检察院随意撤诉后又重新起诉，保障司法程序的严肃性和被告人的合法权益。
选项D是错误的。需要区分不同类型的无罪判决。对于事实不清、证据不足的无罪判决，如果检察院获得新的事实、证据材料，可以重新起诉，法院应当受理。禁止重复追诉原则主要适用于确实无罪的判决。因此，有新证据时的重新起诉是合法的。