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基因突变是指DNA分子中碱基序列的改变。虽然基因突变会改变遗传信息，但这并不意味着所有的基因突变都会引起生物体性状的改变。实际上，许多基因突变对生物体的表型没有明显影响。
第一个原因是遗传密码的简并性。由于遗传密码具有简并性，64个密码子只编码20种氨基酸，这意味着多个不同的密码子可以编码同一种氨基酸。例如，UUU和UUC都编码苯丙氨酸。当基因突变只是改变了密码子的第三个碱基，但仍然编码相同的氨基酸时，蛋白质的氨基酸序列不会改变，因此蛋白质的功能也不会受到影响。
第二个原因是突变发生在非编码区。真核生物的基因包含编码蛋白质的外显子和不编码蛋白质的内含子。在转录后的RNA加工过程中，内含子会被剪切掉，只有外显子被保留在成熟的mRNA中。因此，如果基因突变发生在内含子等非编码区域，这些突变不会出现在最终的mRNA中，也就不会影响蛋白质的氨基酸序列和功能。
第三个原因是隐性突变。当基因突变产生隐性等位基因时，在杂合子个体中，显性基因的功能足以维持正常的性状表现，隐性突变被掩盖。第四个原因是氨基酸改变不影响蛋白质功能。即使突变导致氨基酸序列发生改变，如果新的氨基酸与原氨基酸性质相似，或者改变发生在蛋白质的非关键区域，比如远离活性位点的区域，蛋白质的整体结构和功能可能不会受到显著影响。
第五个原因是体细胞突变。体细胞突变只发生在个体的某些体细胞中，不会影响生殖细胞，因此不会遗传给后代。这种局部的突变通常不会引起个体整体性状的明显改变。第六个原因是多基因控制的性状。许多性状由多个基因共同决定，每个基因对性状的贡献相对较小。当其中一个基因发生突变时，其他正常基因仍能发挥作用，因此对整体性状的影响可能不显著，个体仍能表现出基本正常的性状。