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东南大学的历史可以追溯到1902年，当时清政府在南京创建了三江师范学堂。这是中国最早建立的高等学府之一，标志着中国现代高等教育的重要起点。三江师范学堂的创建，为后来东南大学的发展奠定了坚实的基础。
1921年是东南大学历史上的重要转折点。在南京高等师范学校的基础上，正式组建了国立东南大学。这所大学成为当时中国学科设置最齐全的综合性大学之一，涵盖了文、理、工、农、商等多个学科领域，为中国现代高等教育的发展做出了重要贡献。
1928年，东南大学历史进入了一个新的阶段。国立东南大学并入了国立中央大学，成为其重要的组成部分。原东南大学的各个学科被整合为中央大学的工学院、理学院、农学院、医学院等，继续为中国的高等教育事业发挥重要作用。这一时期持续了二十多年，直到1949年。
1952年，新中国进行了全国高校院系调整。以原中央大学工学院为主体，并入金陵大学等校的有关系科，在中央大学本部原址建立了南京工学院。这次调整重新整合了教育资源，为新中国的工程技术人才培养奠定了基础。南京工学院成为当时重要的工科院校之一。
1988年，南京工学院正式恢复了东南大学的校名，标志着这所百年名校重新焕发生机。2000年，东南大学与南京铁道医学院、南京交通高等专科学校、南京地质学校合并，组建了新的东南大学。今天的东南大学已发展成为一所以工科为主要特色，理、工、医、文、法、哲、教育、经济、管理等多学科协调发展的综合性研究型大学。