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基因的复制原点、启动子和终止子是DNA上的重要调控序列。复制原点控制DNA复制的起始，启动子控制基因转录的开始，终止子控制转录的结束。它们在DNA分子上有特定的位置和功能。
复制原点是DNA复制开始的特定DNA序列。DNA复制起始蛋白会识别并结合到复制原点，解开双链DNA形成复制叉，为DNA聚合酶提供单链模板，从而启动整个DNA复制过程。一个基因组可以有一个或多个复制原点。
启动子是位于基因上游5'端的特定DNA序列，是RNA聚合酶识别、结合并启动转录的关键区域。转录因子首先结合到启动子，然后招募RNA聚合酶，启动基因转录过程，将DNA信息转录为RNA。启动子的序列特征决定了基因转录的起始位点和效率。
终止子是位于基因下游3'端的特定DNA序列，它向RNA聚合酶发出停止转录的信号。当RNA聚合酶转录到终止子序列时，会形成特殊的RNA二级结构如发夹结构，这使得RNA聚合酶暂停并最终从DNA模板上释放，从而结束转录过程。
总结三者的主要区别：复制原点参与DNA复制过程，是复制的起始位点，被DNA复制起始蛋白识别；启动子和终止子都参与基因转录过程，启动子是转录的起始区域，被RNA聚合酶和转录因子识别，终止子是转录的终止区域，使RNA聚合酶停止转录。它们在DNA分子上的位置和功能各不相同，共同调控着基因的表达和DNA的复制。