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GNPS是全球天然产物社交分子网络平台的简称，它是一个基于质谱数据构建分子网络的在线平台。该平台的核心原理是通过比较二级质谱图的相似性，将结构相似的分子连接成网络，从而帮助研究人员发现和鉴定天然产物。
分子网络的构建基于MS/MS谱图的相似性比较。首先获取各分子的碎片离子信息，然后使用余弦相似度公式计算谱图间的相似性。当相似度超过设定阈值时，通常是0.6以上，就将这些分子连接为网络中的节点。
分子网络的构建是一个系统性过程，包括数据预处理、谱图匹配、相似度计算、网络拓扑构建和节点注释等步骤。这种方法具有显著优势，能够发现未知化合物，揭示代谢途径，批量注释分子结构，并可视化分子间的关系。
总结一下GNPS分子网络平台的核心内容：该平台基于MS/MS谱图相似性构建分子网络，使用余弦相似度算法比较谱图碎片模式，将相似分子通过网络连接展示其结构关系，这种方法在天然产物发现和代谢途径研究中具有重要价值。
GNPS平台的第一步是数据输入与预处理。用户需要上传MGF格式的质谱数据文件，其中包含MS/MS谱图信息、前体离子质量和碎片离子数据。平台会对输入数据进行质量控制和去噪处理，确保后续分析的准确性。
谱图比对是分子网络构建的核心步骤。系统会两两比较所有MS/MS谱图，使用余弦相似度算法计算得分，同时考虑前体离子质量差异。通过设定关键参数如最小相似度阈值、匹配峰数和质量容差来过滤和优化网络连接。
网络构建的最终步骤是将每个MS/MS谱图表示为节点，在相似谱图间绘制连接边，形成分子家族聚类。节点大小可以反映分子丰度，通过谱库匹配和结构预测方法对网络进行注释，从而实现分子鉴定和代谢途径分析。
总结GNPS分子网络构建的核心原理：该平台基于MS/MS谱图相似性，通过余弦相似度算法比较碎片模式，设定合适的阈值参数来过滤和优化网络连接，最终实现分子家族聚类和结构注释，为天然产物发现和代谢途径研究提供了强有力的分析工具。