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日语、韩语和蒙古语是否属于同一语系，这是语言学界长期争论的问题。目前主流观点认为，日语通常被视为孤立语言或属于日语族，韩语也被视为孤立语言或属于韩语族，而蒙古语则属于蒙古语族。
历史上曾经存在阿尔泰语系假说，试图将突厥语族、蒙古语族、通古斯语族，以及日语和韩语归入同一个语系。然而，这个假说在语言学界争议很大，因为缺乏确凿的语言学证据，词汇对应关系不够系统，语法结构也存在显著差异，因此未被广泛接受。
语言学家通过词汇对比和语法结构分析发现，日语、韩语和蒙古语之间缺乏系统的对应关系。虽然在基础词汇方面可能存在一些相似性，但这些相似性往往可以用借词或偶然巧合来解释。在语法结构方面，虽然都采用主谓宾语序，但语法标记系统存在显著差异。因此，缺乏足够证据证明它们之间存在亲缘关系。
根据现代语言学分类，日语属于日语族，主要包括日语及其方言，可能还包括琉球语。韩语属于韩语族，包括韩语和济州语。蒙古语则属于蒙古语族，包括蒙古语、布里亚特语、卡尔梅克语、达斡尔语等多种语言。因此，这三种语言分别属于不同的语族，彼此之间没有确定的亲缘关系。
总结一下，日语、韩语和蒙古语并不属于同一个语系。虽然历史上曾有阿尔泰语系假说试图将它们归为一类，但这个假说缺乏足够的语言学证据支持。目前语言学界的主流观点认为，这三种语言分别属于独立的语族，彼此之间没有确定的亲缘关系。